서울과 경기 지역 교회 대부분은 정부의 방역 지침을 준수하면서 비교적 차분하게 예배를 진행했다.
일부 교회의 경우 혹시 모를 2차 감염을 막기 위해 정규예배를 온라인으로 전환하고, 성도 출입을 철저히 관리해 임의로 이뤄지는 모임도 통제하는 등 정부의 사회적 거리두기에 적극적으로 협조했다.
성남 만나교회 관계자는 "경기도와 정부에서는 방역관리자를 설정해 교회 모든 시설물에 대한 소독과 관리를 진행하길 원했지만. 세분화해 방역관리자뿐만 아니라 출입명부관리자까지 이원화해서 운영하고 있다"며 "소그룹 모임은 전적으로 제한하고 있으며, 임의적인 모임이 진행되지 않도록 예배실, 소그룹 실을 확인하고 있다"고 전했다.
이처럼 교회는 기존 방역지침 보다 엄격하게 통제해왔다. 그럼에도 일부 교회를 중심으로 집단감염이 발생했다. 전광훈 목사가 담임하는 사랑제일교회는 확진자가 300명을 넘어섰고, 용인 우리제일교회는 130명에 달했다. 이에 따라 방역당국은 사랑제일교회와 우리제일교회를 폐쇄조치하기도 했다.
교계에서는 “교회로부터 감염이 확산되는 것은 자칫 기독교의 권위를 실추시킬 수 있다”며 “교회가 방역지침을 철저하게 준수해야 한다"고 강조했다.
고신대학교 손봉호 석좌교수는 "우리가 마땅히 찬양을 하고, 예배 드려야 겠지만 그 때문에 다른 사람의 생명이 위험에 빠져선 안된다"며 "다른 사람에게 해를 끼치는 찬양과 예배의 방식을 하나님이 기뻐하실 리가 없다"고 지적했다. 그러면서 손 교수는 "철저한 방역으로 집단감염이 더 지속되지 않길 바란다"고 했다.
